Podstatou činnosti biobanky je sběr a uchovávání vzorků biologického materiálu a s nimi souvisejících dat a jejich následná distribuce pro potřeby vědy a výzkumu. Vzorky a data jsou následně využívány ve výzkumu zaměřeném na pochopení podstaty onemocnění a jejich příčin - podílu genetických faktorů, vlivu životního stylu a vnějšího prostředí. Cílem takového výzkumu je zavedení nových možností prevence, včasné diagnostiky a účinnější léčby.

Vzorky jsou odebírány od dobrovolných dárců, a většinou jsou získány v rámci běžných diagnostických a léčebných postupů, které jsou indikovány ošetřujícím lékařem a jsou nezbytné pro diagnostiku, léčbu a sledování nemoci. Jedná se o vzorky různých tkání, krve, moči a podobně. Pracovníci BBM tyto vzorky zpracují pomocí laboratorních metod a připraví k dlouhodobému uchování většinou zamrazením. Společně se vzorky jsou v databázi biobanky shromažďovány některé údaje o zdravotním stavu dárců (např. klinické údaje a hodnoty z laboratorních vyšetření), které jsou významné z hlediska budoucího výzkumu vzorků. Informace o vzorcích a údaje o zdravotním stavu dárců jsou v databázi biobanky uchovávány v anonymizované podobě.

Hlavní význam biobanky spočívá v uchovávání vysoce kvalitních biologických vzorků, jejichž sběr a zpracování probíhá za standardizovaných podmínek (certifikace ISO9001). Právě kvalita vzorků hraje významnou roli v jejich budoucím výzkumném využití. Činnosti biobanky probíhají v souladu s platnou legislativou a etickými zásadami, které jsou dány mezinárodními úmluvami a doporučeními.