Vzorky jsou pro BBM zajišťovány nejčastěji ve spolupráci se Všeobecnou fakultní nemocnicí v Praze (VFN Praha). Odebírají se na základě podepsaného souhlasu dárce vzorku či osoby blízké. Vzorky jsou získávány od pacientů s různými typy chorob, zejména nádorovými a vzácnými onemocněními během plánovaných vyšetření či chirurgických zákroků. Dále jsou získávány vzorky od zdravých dárců (kontrolní vzorky) a to nejčastěji během plánovaných vyšetření či odběrů. Vzorky od zemřelých dárců se získávají na základě souhlasu blízké osoby.

Nejčastěji se získávají různé typy tkání, krev a moč. Vzorek je odebrán, zpracován a uchován dle platných standardních operačních postupů BBM.